Vào ngày 15 tháng 6 năm 1991, núi Pinatubo cách Vịnh Subic khoảng 32 km bùng nổ với sức mạnh gấp 8 lần hơn núi St. Helens. Ngày biến thành đêm khi tro tàn của núi lửa che lấp Mặt Trời. Cùng với động đất, mưa to, sấm chớp vì một cơn bão đi qua bắc Luzon làm ngày thứ bảy đen tối thành một cơn ác mộng dài 36 giờ.

Vào sáng Chúa nhật, khi cơn giận dữ của núi lửa chìm xuống, Vịnh Subic, từng là một trong các căn cứ hải quân được bảo trì tốt và đẹp nhất tại Thái Bình Dương bị chôn dưới một lớp đất cát thấm nước mưa dày 1 bộ. Các tòa nhà khắp nơi bị đổ sập dưới sức nặng của tro xám gây thiệt hại nhân mạng cho khoảng trên 60 người trong khu vực vịnh và Olongapo.

Khoảng tối chủ nhật, núi lửa tiếp tục phun, thêm vào đó là điện và nước thiếu hụt dẫn đến quyết định di tản tất cả những người phụ thuộc.

Căn cứ Không quân Clark, rất gần Núi Pinatubo, được tuyên bố là hoàn toàn hư hại và kế hoạch đóng cửa bắt đầu khởi sự.

Trong hai tuần thì Trạm Không quân của Hải quân ở Mũi Cubi trở lại hoạt động nhưng hạn chế. Chẳng bao lâu thì đa số các tòa nhà có điện và nước phục hồi. Khoảng giữa tháng 7, điện nước của đa số đơn vị nhà ở gia đình được phục hồi. Những người phụ thuộc bắt đầu quay trở về.

Trước khi Thỏa ước Căn cứ Quân sự năm 1947 hết hạn vào ngày 16 tháng 9 năm 1991, các cuộc thương lượng căng thẳng giữa hai chính quyền Mỹ và Philippines bắt đầu. Kết cuộc là Hiệp ước Hữu nghị, Hòa bình và Hợp tác ra đời. Kết quả này gia hạn hợp đồng thuê mướn căn cứ của Mỹ tại Philippines.

Ngày 13 tháng 9 năm 1991, Thượng viện Philippines bác bỏ phê chuẩn hiệp ước.

Tháng 12 năm 1991, hai chính phủ lại nói chuyện tiếp về việc gia hạn sự rút quân của lực lượng Hoa Kỳ thêm ba năm nhưng bị gián đoạn khi Hoa Kỳ từ chối nói rõ chi tiết chương trình rút quân của họ hoặc cho biết vũ khí nguyên tử có được giữ tại căn cứ hay không; vũ khí nguyên tử bị cấm trên đất Philippines. Cuối cùng vào ngày 27 tháng 12, Tổng thống Corazon Aquino, người từng cố gắng trì hoãn việc rút quân để giảm bớt tình trạng yếu kém của nền kinh tế, đưa ra thông báo chính thức cho Hoa Kỳ rời khỏi căn cứ cho đến cuối năm 1992.

Cuối cùng ngày 24 tháng 11 năm 1992, cờ Mỹ hạ xuống tại Subic lần cuối cùng và 1.416 thủy thủ và thủy quân lục chiến rời căn cứ bằng máy bay từ Mũi Cubi và bằng tàu Belleau Wood. Việc rút quân này đánh dấu lần đầu tiên, kể từ thế kỷ 16, không có một lực lượng quân sự ngoại quốc nào hiện diện trên đất Philippines.